Nasceu do pioneirismo do maranhense Pedro Costa, o qual buscou áreas agricultáveis no interior do município para trabalhar e as encontrou na Mata geral, local que começa na margem esquerda do rio Mucajaí.

O topônimo foi escolhido devido ao fato de Pedro Costa, juntamente com alguns companheiros, ter se estabelecido no campo de Alto Alegre.

Formação istrativa c1r31

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Alto Alegre, pela Lei Federal n.º 7.009, de 01-07-1982, desmembrado do município de Boa Vista. Sede no atual distrito de Alto Alegre (ex-Colônia de Alto Alegre). Constituído do distrito sede. Instalado em 13-07-1982.

Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.