O primeiro Governador do Território Federal do Rio Branco, Ene Garcez Reis, visava promover um verdadeiro desenvolvimento agrícola. Durante uma das tentativas, surgiu na região do atual Município de Mucajaí, um núcleo de famílias de emigrantes nordestinos, dando origem em 1951 à Colônia Agrícola Fernando Costa, atual Município de Mucajaí.

O topônimo é de origem indígena. Significa coco pequeno.

Formação istrativa c1r31

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Macajaí, pela Lei Federal n.º 7.009, de 01-07-1982, desmembrado do município de Boa Vista e Caracaraí. Sede no atual distrito de Macajaí (ex-Colônia). Constituído do distrito sede. Instalado em 13-07-1982.

Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.