A localidade de Arapeí teve sua origem na 9ª Sesmaria de Bananal, constituindo um dos pontos do Caminho Novo criado para escoar a produção do Brasil colônia.

Em 1783, o governo colonial traçou o objetivo de povoar o Caminho Novo de ligação para o Rio de Janeiro e para as Minas Gerais. Com isso, o Capitão-Mór Manoel da Silva Reis recebeu a missão de distribuir a pessoas de sua confiança 13 sesmarias criadas na região. A 9ª sesmaria, no rio Bananal, foi destinada a João Barbosa de Camargo.

O povoado, então denominado Alambari, atingiu seu apogeu no Ciclo do Café (século XVIII), época em que teve relevante papel na vida do Vale do Paraíba, integrando o poderio econômico dos Barões do Café de Bananal.

Com a queda de produtividade nos cafezais da região no final do século XIX, ou a basear sua economia na pecuária leiteira.

Formação istrativa c1r31

Distrito criado com a denominação de Alambari (ex-povoado), pelo Decreto n.º 169, de 15-05-1891, subordinado ao município de Bananal.

Pela Lei Estadual n.º 112, de 01-10-1892, foi extinto o distrito de Alambari, sendo seu território anexado ao município de Bananal.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, é criado o novamente o distrito com a denominação de Arapeí, subordinado ao município de Bananal.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, distrito de Arapeí figura no município de Bananal.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.

Elevado à categoria de município com a denominação de Arapeí, pela Lei Estadual n.º 7.644, de 30-12-1991, desmembrado de Bananal. Sede no antigo distrito de Arapeí. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.

Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.