Mongaguá é uma palavra indígena que significa água pegajosa. Nome dado pelos índios guaranis que viviam às margens dos rios Mongaguá e Aguapéu. No século XVI, segundo historiadores, emissários de Martim Afonso de Souza, em suas viagens pelo litoral paulista, paravam em Mongaguá para descansar. Aos poucos, foram surgindo moradores fixos e, consequentemente, as primeiras propriedades. Parte do território atual de Mongaguá situava-se, naquela época, na Capitania de São Vicente e outra na Capitania de Itanhaém.

Em 1776, o Sítio de Mongaguá foi arrematado em leilão público pelo coronel Bonifácio José de Andrada, pai do Patriarca da Independência, José Bonifácio de Andrada e Silva. A propriedade foi vendida ao padre João Batista Ferreira (1814) e, posteriormente, a Antônio Gonçalves Nobre (1847), Manuel Bernardes Muniz (1851) e a Heitor Peixoto (1892).

Após a Segunda Guerra Mundial é que Mongaguá começou a se desenvolver. A construção da rodovia Padre Manoel da Nóbrega, ligando Mongaguá a São Paulo, deu um grande impulso ao crescimento do distrito. Em 24 de dezembro de 1948 foi criado o distrito de Mongaguá.

Com a criação do distrito de Mongaguá o desenvolvimento no setor comercial teve um grande impulso.

Em 1959 Mongaguá foi elevada à categoria de cidade, pela criação do município.

Formação istrativa c1r31

Distrito criado com a denominação de Itariri pelo Decreto Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, subordinado ao município de Itanhaém.

No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o distrito de Itariri figura no município de Itanhaém.

Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, o distrito de Itarari tomou a denominação de Mongaguá.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o distrito Mongaguá figura no município de Itanhaém. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.

Elevado à categoria de município com a denominação de Mongaguá pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, sendo desmembrado do município de Itanhaém. Sede no antigo distrito de Mongaguá. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1960.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.