As origens do município prendem-se principalmente à Novo Airão e Itapiranga, dos quais foi desmembrada a maior parte do território que hoje constitui Presidente Figueiredo, bem como a Manaus, cuja vizinhança foi influente no desenvolvimento da região.

Os primeiros assentamentos populacionais nesses polos datam de 1657, para o local, onde hoje é a cidade de Manaus, e de 1668, onde hoje é a sede de Novo Airão.

Foi a partir desses núcleos que se deu a consolidação e ampliação do povoamento do Baixo Rio Negro.

O topônimo é uma ao primeiro presidente da província do Amazonas, João Baptista de Figueiredo Tenreiro Aranha.

Formação istrativa c1r31

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Presidente Figueiredo, pela Emenda Constitucional n.º 12, de 10-02-1981 (Art. 2º - Disposições Gerais Transitórias), delimitado pelo Decreto Estadual n.º 6.158, de 25-02-1982, desmembrado dos municípios de Itapiranga, Novo Airão, Silves e Urucará. Sede no atual distrito Presidente Figueiredo. Constituído de 2 distritos: Presidente Figueiredo e Balbina, criado pelas leis do município acima citada. Instalado em 01-02-1983.

Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 2 distritos:
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.