A trajetória histórica da localidade remonta ao ano 1581, quando, vindo do Rio de Janeiro, o padre José de Anchieta construiu uma igreja de madeira na Planície de Muribeca, às margens do rio Itabapoana. Até então, a região era habitada por índios Puris e Botocudos.

Anchieta instalou ainda residência, oficinas, enfermaria, horto, pomar, criadouro de peixe, casa de farinha e usina de açúcar. Mais de um século depois, outro jesuíta, padre André de Almeida, instituiu nas imediações da igreja a Fazenda Muribeca, legalizada em 1702.

A propriedade tinha 9 léguas e meia de frente por 8 léguas e meia de fundo e foi uma das maiores fazendas pecuárias do Brasil, abrangendo sul do Espírito Santo e norte do Rio de Janeiro, até a região de Campos.

Igreja das Neves foi construída em meados do século XVII onde havia a igreja de madeira. Por volta de 1694, com ajuda de índios catequizados e escravos, o novo templo foi erguido. A imagem de Nossa Senhora das Neves veio de Portugal em 1750.

O município se chamaria Batalha, mas com o assassinato do presidente norte-americano John F. Kennedy, fato que abalou o mundo, o deputado estadual Adalberto Simão Nader tomou a iniciativa de sugerir que se homenageasse o político que criou a Aliança para o Progresso, programa de ajuda aos países do 3º Mundo.

Formação istrativa c1r31

Distrito criado com de Barra do Itabapoana, pela Lei Provincial n.º 3, de 07-07-1853, subordinado ao município de Itapemirim.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1911, o distrito de Barra do Itabapoana figura no município de Itapemirim.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 15.177, de 31-12-1943, o distrito está grafado Barra do Itabapoana.

No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de Barra do Itabapoana figura no município de Itapemirim.

Pela Lei Estadual n.º 265, de 22-10-1949, o distrito de Barra do Itabapoana, ou a denominar-se Batalha.

Em divisão territorial datada de I-VII-1955, o distrito de Batalha figura no município e Itapemirim.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de I-VII-1960.

Elevado à categoria de município com a denominação de Presidente Kennedy, pela Lei Estadual n.º 1.918, de 30-12-1963, desmembrado de Itapemirim. Sede no atual distrito de Presidente Kennedy (ex-Batalha). Constituído do distrito sede. Instalado em 04-04-1964.

Em divisão territorial datada de I-I-1979, o município é constituído de distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.