A colonização do município de Indaial teve início em 1860 por famílias oriundas de Armação, Itajaí, Camboriú e Porto Belo. Primeiramente a região era habitada por índios carijós.

Em 1863, o engenheiro Emílio Odebrecht, da colônia de Blumenau, subiu o Rio Itajaí-Açu até à confluência dos rios Itajaí do Sul e Itajaí do Oeste, registrando a existência de habitações na barra do rio Benedito, onde hoje se situa a cidade de Indaial.

Com a implantação da Colônia de imigrantes alemães a população já estabelecida ficou na vizinhança do núcleo, até que o desenvolvimento deste ocasionou o movimento dos sertanejos para outras terras, ainda não ocupadas.

Os primeiros imigrantes que se estabeleceram na Colônia foram: Júlio Stadoli, Guilherme Schroeder, Augusto Rechberg e outros.

Em 1886 foi criado o distrito de Indaial, o qual foi elevado a Município em 1893 e extinto em 1897.

Somente em 1934 restaurou-se o município, tendo sido festivamente instalado no mesmo ano.

A origem do topônimo, segundo Noberto Bachmann, indica o lugar onde existe em abundância a palmeira indaiá.

Formação istrativa c1r31

Em divisão istrativa do Brasil referente ao ano de 1911 o distrito de Indaial figura no município de Blumenau.

Elevado à categoria de município com a denominação de Indaial pelo Decreto-lei Estadual n.º 526, de 28-02-1934, sendo desmembrado de Blumenau. Sede no antigo distrito de Indaial. Constituído de 3 distritos: Indaial, Aquidabã e Ascurra. Desmembrado de Blumenau. Instalado em 21-03-1934.

No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de 3 distritos: Indaial, Aquidabã e Ascurra.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 941, de 31-12-1943, o distrito de Aquidabã ou denominar-se Apiúna.

No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948, o município é constituído de 3 distritos: Indaial, Apiúna e Ascurra.

Em divisão territorial datada de I-VII-1960 o município é constituído de 3 distritos: Indaial, Apiúna e Ascurra.

A Lei Estadual n.º 878, de 01-06-1963, desmembra do município de Indaial o distrito de Ascurra, elevado à categoria de município.

Em divisão territorial datada de I-I-1979 o município é constituído de 2 distritos: Indaial e Apiúna.

A Lei Estadual n.º 1.100, de 04-01-1988, desmembra do município Indaial o distrito de Apiúna, elevado à categoria de município.

Em divisão territorial datada de 1-VI-1995 o município é constituído de distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.