Caraguá começou a ser povoada nos primeiros anos de 1600, com as Sesmarias. A primeira que se conhece ocupou a bacia do Rio Juqueriquerê, em 1609 e foi doada pelo capitão-mor Gaspar Conqueiro aos antigos moradores de Santos, Miguel Gonçalves Borba e Domingos Jorge, como prêmio por serviços prestados à Capitania de São Vicente.

A colonização da região próxima ao Juqueriquerê começa nesta mesma época. As condições favoráveis das margens do rio despertaram a atenção dos colonos. Mas é a partir da segunda metade do século XVII que surge a Vila de Santo Antônio de Caraguatatuba.

Pesquisas sobre as origens de Caraguá indicam que a fundação da cidade ocorreu entre os anos de 1664 e 1665. O fundador foi Manuel de Faria Dória, Capitão-mor da Capitania de Itanhaém. Entretanto, o ano de 1693 foi marcado por um surto de varíola que matou parte da população da vila.

Moradores deixaram a região e seguiram para as cidades de Ubatuba e São Sebastião, ficando o antigo local de povoamento conhecido como a Vila que desertou. O local ficou deserto, apenas a igrejinha de invocação a Santo Antônio permaneceu em pé. No entanto, o vilarejo de Caraguatatuba voltou a ser povoada depois.

Mas em meados do século 18, com o crescimento populacional do povoado, a região chamou a atenção do capitão geral da Capitania de São Paulo, D. Luiz Antônio de Souza Botelho Mourão Morgado de Mateus, que encaminhou o pedido para que Santo Antônio de Caraguá fosse elevado à condição de Vila.

Formação istrativa c1r31

Distrito criado com a denominação de Caraguatatuba, pela Lei Provincial n.º 18, de 16-03-1847, subordinado ao município de São Sebastião.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Caraguatatuba, pela Lei Provincial n.º 30, de 20-04-1857. Desmembrado do município de São Sebastião. Sede na antiga povoação de Caraguatatuba. Constituído do distrito sede. Instalado em 23-11-1857.

Elevado à condição de cidade com a denominação de Caraguatatuba, pela Lei Estadual n.º 1.038, de 19-12-1906.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de I-VII-1960.

Pela Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, é criado o distrito de Porto Novo e anexado ao município de Caraguatatuba.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 2 distritos: Caraguatatuba e Porto Novo.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.