Localizado entre os rios Aguapeí e do Peixe e limitado no oeste pelo Ribeirão Nova Palmeira, o território de Junqueirópolis foi adquirido por seu fundador, Álvaro de Oliveira Junqueira, paulista de Cravinhos, do antigo proprietário de imensas glebas no espigão Aguapeí-Peixe, o Coronel Elisário Ramos.

Iniciada a povoação em torno de um pequeno centro, com um botequim e poucas e precárias casas, logo ou a atrair novos moradores pela fertilidade dos solos próprios para a cafeicultura e pela abundância de madeiras de lei extraídas das matas derrubadas.

Oficialmente, a fundação ocorreu no dia 13 de junho de 1945, quando foi erguido um cruzeiro de madeira sob a invocação de Santo Antônio de Pádua.

O distrito de Junqueirópolis, cujo nome constituiu desde o início uma homenagem ao seu fundador, foi criado juntamente com a elevação a município, em dezembro de 1948.

Formação istrativa c1r31

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Junqueirópolis, pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, desmembrado de Lucélia. Sede no atual distrito de Junqueirópolis, (ex-povoado). Constituído do distrito sede. Instalado em 03-04-1949.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.