Fundada em 1887, por senhores de escravos, Santa Inês era o principal povoado do município de Pindaré Mirim. No início era chamada de Aldeia dos Pretos, Ponta da Linha, Conceição e, por fim, Santa Inês, em razão do voto de uma senhora pelo sucesso que obteve em um parto de risco.

A principal economia da região era o cultivo de cana de açúcar. A Companhia Progresso Agrícola istrava a produção, que era levada para o Engenho Central em Pindaré Mirim, através da estrada de ferro que terminava no povoado de Santa Inês. A plantação de cana de açúcar era feita com mão de obra em regime de quase escravatura e toda a produção era exportada através do rio Pindaré.

O Engenho Central funcionou a todo vapor de 1884 até o ano de 1910, quando começou o seu declínio por falta de investimentos e matéria-prima. Contudo permanece até hoje em Pindaré Mirim, como lembrança, monumento histórico e turístico, símbolo de um grande período econômico que a cidade teve.

O povoado Ponta da Linha recebeu colonizadores dos estados vizinhos do Piauí e Ceará que, para desenvolvê-lo, investiram na agricultura de algodão, arroz, milho, feijão e mandioca. Com a falência do Engenho Central, o povoado começou a investir em novas atividades. A vinda dos colonizadores, investindo na agricultura, trouxe um novo alento. Até o comércio de desenvolveu. Aos poucos a região foi superando a cidade mãe, Pindaré. O cordão umbilical, que era a linha férrea, foi substituído por uma estrada de rodagem, então MA 320.

O desenvolvimento trouxe o sonho de independência. A Câmara Municipal de Pindaré Mirim, sob a presidência de Josué Diniz Alves, o tenente, promovia sessões de debates sobre o projeto do vereador Luís Pereira Neves, que pedia a separação. Depois de três acaloradas sessões, veio a aprovação. Na Assembléia Legislativa, sob o comando do Deputado Eurico Galvão, tomou o nome de Projeto n.º 87. Aprovado, esperava a sanção governamental. Em 19 de dezembro de 1966 foi assinado pelo governador José Sarney, criando o novo município de Santa Inês.

Atualmente a cidade de Santa Inês é conhecida como A princesa do Vale do Pindaré. Sendo a principal cidade da região, exerce forte influência em cidades vizinhas como: Pindaré Mirim, Bela Vista, Monção, Igarapé do Meio, Bom Jardim, Santa Luzia, Pio XII, Tufilândia, Governador Newton Belo e Zé Doca. A cidade de Santa Inês, beneficiada por duas ferrovias federais, possui uma boa infra-estrutura e logística, despontando como uma das principais cidades do Maranhão.

Formação istrativa c1r31

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Santa Inês pela Lei Estadual n.º 2.723, de 19-12-1966, sendo desmembrado de Pindaré-Mirim. Sede no atual distrito de Santa Inês. Constituído do distrito sede. Instalado em 14-03-1967.

Em divisão territorial datada de 1-I-1979 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.