Segundo a tradição, João Álvares (Alves) Pinheiro mais tarde conhecido por João Cauaçu, proveniente da então vila de Santo Antônio de Alcântara, mas natural da província de Trás-os-Montes, da freguesia de Manfort, bispado de Miranda e seguido por outros, os primeiros povoadores do território onde hoje se encrava o município de São Bento.

Essas plagas ficaram conhecidas inicialmente como São Bento dos Peris, em virtude da grande quantidade de junco (peri) existente nos campos que circunvizinham a região. Por corruptela vocabular, o nome peris cedeu a perises (ou perizes), e o importante historiador oitocentista, César Marques, autor do Clássico Dicionário histórico-geográfico da província do Maranhão, publicado pela primeira vez em 1870, já punha a situação a descoberto, e deixou registrado: São Bento dos Perises, assim chamam todos, porém rigorosamente devia ser dos Peris, porque a palavra, que na língua tupi significa junco do campo é Peri, e não peris.

Segundo César Marques, o lançamento da primeira pedra que marca o início da construção da igreja católica matriz deu-se dez anos depois à criação da freguesia, em 5 de outubro de 1815. Edificação essa, que, para ser concretizada, foi marcada por marchas e contramarchas.

Da penetração aludida, comandada pioneiramente por Cauaçu, resultou o povoamento da área. Seus primeiros desbravadores foram fixando residência, edificando casas de moradia, formatando fazendas de gado vacum e se dedicando também a rudimentares plantações nos arredores. De esse juntar pioneiro de pessoas, nasceu um arraial.

Devido ao crescimento da população, o arraial se transformou numa freguesia, criada pela Provisão Régia de 7 de novembro de 1805. São Bento, depois de freguesia, elevou-se à categoria de vila, isto através da Resolução do Conselho Geral da Província, de 19 de abril de 1833. No documento de 1833, está registrado no art. 3.º: Fica erecta em Villa a povoação de São Bento dos Perizes de Alcântara comprehendendo no seu Termo as Freguesias de São Bento e São Vicente de Ferrer ( Livro de Atas do Conselho da Província nº 1339, 1832-1856, p.43). Foi confirmada com esse status jurídico pela Lei nº 7, de 29 de abril de 1835. Nesse diploma legal, está exarado no art. 10: Fica confirmada a creação das Villas de S. Bento, Mearim, Rozário, Iguará, S. José, Urubú, e Riachão. No período republicano, ainda no seu início, foram criados, isto em 1893, os distritos de Macapá e Palmeira, ambos no território do município de São Bento. A vila de São Bento foi elevada à categoria de cidade, como o mesmo nome, pela Lei estadual nº 361, de 30 de março de 1905.

De acordo com a publicação da Diretoria do Serviço de Estatística, editada em 1913, do Ministério da Agricultura, Indústria e Comércio, intitulada Divisão istrativa em 1911 da República dos Estados Unidos do Brazil, o município de São Bento era constituído por quatro distritos, quais sejam : São Bento dos Perizes (sic), Palmeira, Macapá e Bellas Águas. Pela Lei nº 850, de 31 de março de 1919, o distrito de Macapá foi desmembrado de São Bento, elevando-se à categoria de município. Pelo Decreto nº. 75, de 22 de abril de 1931, o município de São Bento reincorporou o extinto município de Macapá. Por meio do Decreto nº 539, de 16 dezembro de 1933, incorporou-se, ao município de São Bento, o extinto município de Cajapió. Consoante a obra Divisão istrativa do Brasil em 1º de janeiro de 1933: Índice alphabetico dos municípios e districtos existentes em 1º de janeiro de 1933, publicada neste mesmo ano, pelo Departamento Nacional de Estatística do Ministério do Trabalho, Indústria e Comércio, o município de São Bento dos Perizes (sic) se compunha apenas do distrito-sede. Pelo decreto nº 855, de 19 de junho de 1935, desmembrou-se do município de São Bento, o distrito de Cajapió, adquirindo este sua autonomia política.

Formação istrativa c1r31

Distrito criado com a denominação de São Bento dos Perizes, pela Provisão Régia de 07-11-1805.

Elevado à categoria de vila com a denominação de São Bento dos Perizes, pela Resolução de 19-04-1833, confirmado pela Lei Provincial n.º 7, de 29-04-1835. Sede na atual vila de São Bento dos Perizes. Instalado 09-08-1833.

Pela Lei Municipal n.º 2, de 09-05-1893, foram criados os distritos Macapá e Palmeiras anexados do município de São Bento dos Perizes.

Elevado à condição de cidade com a denominação de São Bento dos Perizes, pela Lei Estadual n.º 361, de 30-03-1905.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 4 distritos: São Bento dos Perizes, Palmeira, Macapá e Bellas Águas.

Pela Lei n.º 850, de 31-03-1919, desmembra do município de São Bento dos Perizes o distrito de Macapá. Elevado à categoria de município.

Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, o município é constituído de 2 distritos: São Bento dos Perizes e Palmeira.

Pelo Decreto n.º 75, de 22-04-1931, o município de São Bento dos Perizes, incorporou o extinto município de Macapá.

Pelo Decreto n.º 539, de 16-12-1933, o município de São Bento dos Perizes incorporou extinto município de Cajapió.

Em divisão istrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 4 distritos: São Bento das Perizes, Cajapió, Macapá e Palmeira.

Pelo Decreto n.º 855, de 19-06-1935, desmembra do município de São Bento dos Perizes os distritos de Cajapió e Macapá, elevando-os novamente à categoria de município.

Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município se denomina de São Bento dos Peris é constituído do distrito sede. Não figurando o distrito de Palmeira.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 45, de 29-03-1938, o município de São Bento dos Peris ou a denominar-se simplesmente São Bento.

Por ato disposições constitucionais transitórias do estado, promulgado a 28-07-1947, é criado o distrito São Bento Bacurituba, com terras desmembradas do distrito sede do município Cajapió e anexado ao município de São Bento.

Pela Lei Estadual n.º 269, de 31-12-1948, o distrito de São Bento de Bacurituba é transferido do município de São Bento para o de Cajapió com a denominação Bacurituba.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.