O município iniciou seu povoamento por volta de 1950. Sua primeira denominação foi Conquista, crê-se devido ao pioneirismo da época em área de floresta virgem. Algum tempo depois foi nomeada de Reconquista e finalmente Alto Piquiri. A palavra Piquiri originou-se dos índios que habitavam o local, os Paiquerês. Como a sede se localiza no local mais alto do Vale do Piquiri sua denominação final foi de Alto Piquiri. Criado através da Lei Estadual nº. 4.245 de 25 de julho de 1960 e instalado em 15 de novembro de 1961 foi desmembrado de Cruzeiro do Oeste.
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